A sua origem é muito antiga e a sua história começou com a origem da humanidade, nas civilizações antigas todas as pessoas tinham REIKI.. O Reiki foi redescoberto no século XIX no Japão com a busca de Mikao Usui. Quando alunos dele lhe perguntaram sobre o segredo das curas milagrosas . 
Durante cerca de 10 anos Usui procurou a resposta primeiros em vários textos Cristãos e depois em textos budistas. 
Finalmente após muitos anos de pesquisa e sobretudo da descoberta dos princípios budistas do caminho interior de iluminação, empreendeu um retiro de 21 dias de jejum e oração no alto do monte Kumara e na última manhã do retiro viu um clarão de luz muito forte, vários simbolos e percebeu que lhe estava a ser revelado o segredo da activação da energia da vida para a cura. Depois, desceu do Monte e passou por várias experiências: Apesar de ter jejuado durante 21 dias (purificação), não se sentia faminto, nem esgotado. Tinha recuperado, miraculosamente, as suas energias. Ao descer da montanha, feriu-se no dedo do pé e, impondo as suas mãos sobre o ferimento, constatou, com surpresa, que a hemorragia e a dor cessaram instantaneamente.

Ao pé da montanha, Mikao Usui parou num pequeno albergue e pediu uma refeição leve. Esta foi-lhe servida por uma menina que tinha dores de dentes. Com o toque das mãos, a dor que a afligia desapareceu. 

Ao regressar ao mosteiro, encontrou o seu amigo acamado com um ataque de artrite. Impondo-lhe as mãos nos pontos doridos, aliviou-o da dor com as suas mãos de cura.

A partir de então, Mikao Usui tornou-se peregrino, levando o REIKI pelo Japão, dedicando a sua vida à transmissão do REIKI e à cura dos outros. Este sistema chega até nós após muitos anos em que foi mantido num certo secretismo. Actualmente está espalhado por todo o mundo e o seu ensino torna-se cada vez mais disponível para todos, adultos ou crianças.